
Структурно налоговые органы построены по территориальному признаку: Центральный аппарат ФНС РФ руководит работой 89 управлений ФНС, которые образованы в каждом субъекте Российской Федерации. Управлениям подчиняются налоговые инспекции районов и городов, находящихся на территории этого субъекта РФ, в том числе инспекции межрайонного уровня, охватывающие сразу несколько районов. Все налоговые инспекции составляют основное ядро на самом первом (нижнем) уровне структуры налоговых органов.
Кроме этого, сформировано 7 межрегиональных инспекций ФНС по федеральным округам, 9 специализированных (по видам деятельности), ориентированных на крупнейших налогоплательщиков, и ещё одна аналитическая для обработки данных. Эти инспекции подчинены напрямую центральному аппарату и не имеют отношения к управлениям ФНС – не подчиняют их и не подчиняются им. В самом аппарате ФНС сформированы управления по видам деятельности для руководства и контроля по направлениям – строительство, банки, производство, финансовые рынки и т.д.
Порядок подчиненности всех названных органов изображен стрелками, чтобы обжаловать решение в вышестоящий орган или вышестоящему лицу необходимо подняться по стрелке на один уровень вверх – туда и подается жалоба.